ОАО «Метрострой» — один из учредителей Ассоциации СРО «Объединение строителей подземной, инженерной и транспортной инфраструктуры» (СРО А «Подземстрой»). Президент ОАО «Метрострой» Николай Александров задержан правоохранительными органами предположительно 9 декабря, 11 декабря решением Дзержинского районного суда Петербурга он арестован на 2 месяца.

Николай Александров подозревается в хищениях при строительстве 5-й линии метро. Ему и еще двум бизнесменам вменили подложный договор на поставку щебня, в результате чего со счета «Метростроя» на счет компании «Безопасные технологии и разработки» ушло в общей сложности 178 млн рублей. В УФСБ полагают, что один из участников преступного сговора Анатолий Болотов с помощью «обнальных» контор снял наличные средства и отдал их Александрову и второму соучастнику — Олегу Кузьменко — руководителю Управления производственно-технологической комплектации. Это произошло в 2017 году. 9 декабря состоялись основные обыски. Анатолий Болотов попытался уехать в Израиль, но был задержан в аэропорту Пулково после приобретения билета. Уголовное дело возбуждено 6 декабря по статье «Присвоение или растрата в особо крупном размере».

Компания «Метрострой» в начале 2019 года задолжала зарплаты работникам субподрядных организаций, получила ряд претензий от налоговиков и сорвала сроки сдачи станций метро. В профессиональном сообщество строителей полагают, что для участников СРО «Объединение строителей подземной, инженерной и транспортной инфраструктуры» («Подземстрой») могут наступить тяжелые времена в связи с арестом главы компании, которая является соучредителем СРО, и под которую в конечном счете и был создан «Подземстрой».